六祖堂里的寺碑多称该殿创建于明代。但据1936年中国营造学社刘敦桢先生等人在少林寺调查时发现的六祖殿前檐八角石上镌刻的一段铭文可知，该殿创建于金泰和六年(1206年)。
从殿毁前保存的照片看，原殿内中部有佛台与佛龛，中塑三像，观音居龛中，两侧龛内塑达摩与慧可像。两墙壁画分别为十五人与十四人的禅师组像，皆由前后两排坐像组成，前排各为八人，后排一为七人，一为六人，共计二十九人。
该殿于明、清之际多有维修，1928年毁于兵火。今殿是1983年按原址复原设计并重建的，面阔三间，进深三间，为出前廊单檐硬山式建筑。殿内塑像为殿重建以后所置。五尊玉雕像分别为大势至菩萨、文殊菩萨、观音菩萨、普贤菩萨和地藏菩萨。五大菩萨背面是泥雕“达摩只履西归图”。两山墙下塑初祖达摩、二祖慧可、三祖僧璨、四祖道信、五祖弘忍、六祖慧能像。另外，西墙下又塑达摩只履西归像一尊。
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