寺院创建于元代至正四年（门头沟区文化委员会网站介绍称创建于辽代，元代至正四年（1344）重建），名为清水禅寺，旧为黄龙禅师说法道场。明宣德九年至正统二年，司礼监太监吴亮捐款重修，明英宗赐名“崇化禅寺”。成化八年建藏及塔十座，成化十六年，明宪宗下敕谕，明令保护崇化寺，后毁于地震，现仅存遗址及碑刻六通，摩崖刻字一块。原寺占地60多亩，已有600多年历史。该寺三面环山，一面临水，四周林木茂盛。寺前有二株古银杏高耸入云，距今已800余年。现在该寺殿宇残破不堪，仅存遗址，寺后有几块石碑留存，成为该寺兴衰的历史见证。目前该寺庙正在修缮，据现场施工人员介绍预计2017年可对外开放。
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