宝塔礁因形似宝塔而得名，系由地层断裂所塑，年久海蚀而成。
宝塔礁石纹清晰，层次分明，自上而下一条条横绕的纹路将塔分成几十层，裂隙竖垂的岩线，又将每一层次都割裂成数段，仿佛这塔并不是严密的整体，而是一个由大小不等、形状不同的石块堆砌而成的松散的建筑。在距满潮水位约3米高的地方，宝塔又生出一圈环形的断裂层，将整座塔身的1/3悬在空中，显得格外雄奇。
《蓬莱地理志》描写此礁“矗立水肿，酷似浮屠”。礁高21米，象宝塔屹立，象风帆扬起，似天然的盆景、立体的画卷。
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