树木园占地面积25400平方米，位于世博园中部。有一、二级珍稀树种约4万余株。云南是我国乃至世界林木种质资源最丰富的地区之一，通过树木园，可展示我国对珍稀、濒危植物有效保护的成效，以及云南在全球木兰科植物研究中的重要地位和作用。 树木园移栽培植各种植物约83科300余种，共计20000多株，其中珍稀濒危植物50种、乔木1000多株。共分为四个区，即木兰科种植区、珍稀濒危植物栽培区、经济林区、森林植物种质资源区。云南是木兰科树种分布中心，全世界共有15个属150多种，云南有11属120多种。树木园收集栽种了以华盖木为主的木兰科植物50多种，且多为大树，实属罕见。树木园收集栽培的50余种14000多株珍稀、濒危植物，其中有国家一级保护植物珙桐、云南红豆杉、伯乐树、秃杉、苏铁等10余种，二级保护植物30多种。一株树龄近300年、胸径1.1米、高13.8米、冠幅8×8米的巨大翠柏从70公里以外的地方移栽入园，创世界柏科植物移栽记录。移栽成活的这株大树，使游人望而惊叹。
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